Сайма - наследница ледникового периода.История ее зарождения связана с развитием Балтийского моря. Около 11500 лет тому назад вся Скандинавия была покрыта материковыми льдами. Нынешнюю территорию Финляндии также покрывал лед толщиной до двух-трех тысяч метров. При таянии льда край ледника отступал в северо-западном направлении. В те времена климат резко изменился, временами было так же тепло, как и сегодня.

Продолжавшийся около двухсот лет холодный период, однако, приостановил таяние льдов.  В течение этого периода край ледника находился в зоне шириной 10-20 километров, где унесенный талыми водами каменный материал оседал в виде краевого хребтообразного отложения, которому мы присвоили название Первый Салпаусселкя. Его образование явилось основной предпосылкой зарождения Саймы.

Повторное замедление таяния льда двести-триста лет спустя привело к образованию Второго Салпаусселкя в тридцати километрах к северо-западу от Первого Салпаусселкя. Таяние и отступление материковых льдов в развитии Балтийского моря сопровождали морская и озерная фазы: Иолдиево море и Анцилово озеро. После морской фазы водные массы прорвали себе новый выход в море на месте нынешнего Эресунна, и уровень воды опустился примерно на десять метров, в результате чего, в частности, озера Пяйянне и Сайма превратились в самостоятельные водоемы.