Etelä-Karjalan liiton ylintä päätösvaltaa käyttää maakuntavaltuusto. Se päättää maakunnan kehittämisen strategisista linjauksista ja luo maakunnan tahtotilan. Maakuntavaltuusto hyväksyy liiton pääsuunnitelmat sekä toimintasuunnitelman ja talousarvion sekä toimintakertomuksen ja tilinpäätöksen.
Maakuntavaltuuston paikat jakautuvat puolueiden kesken kunnallisvaalien tulosten perusteella. Kustakin jäsenkunnasta valitaan maakuntavaltuustoon yksi jäsen jokaista alkavaa 5 000 asukasta kohti. Maakuntavaltuuston jäsenet ja varajäsenet valitaan jäsenkuntien kunnanvaltuustojen jäsenistä. Tasa-arvolain vaatimukset on otettava huomioon valtuuston kokoonpanossa. Maakuntavaltuuston kokouksissa on kullakin jäsenellä yksi ääni.
Syksyllä 2021 aloittavaan Etelä-Karjalan liiton maakuntavaltuustoon kuuluu 28 jäsentä.
Maakuntavaltuuston jäsenmäärä jakautuu kunnittain seuraavasti:
Imatra 6, Lappeenranta 15, Lemi 1, Luumäki 1, Parikkala 1, Rautjärvi 1, Ruokolahti 1, Savitaipale 1, Taipalsaari 1.
Puolueittain maakuntavaltuuston jäsenet kaudella 2021–2025 jakautuvat seuraavasti:
SDP 7, Kokoomus 7, Keskusta 6, Perussuomalaiset 5, Vihreät 2 ja Kristillisdemokraatit 1.
Maakuntavaltuuston puheenjohtajiston muodostavat maakuntavaltuuston puheenjohtajat, jotka valitaan uuden valtuustokauden ensimmäisessä kokouksessa.
Valtuusto kokoontuu vähintään kaksi kertaa vuodessa.